امام خمینی که همواره ارتباط معنوی خاصی با دکتر چمران داشت ، در پیامی به مناسبت شهادت او ، منحصربفردترین عباران و اوصاف را درباره چمران به کار برد ، در حالی که تنها  دو سال از آشنایی اش با وی می گذشت:

«…شهادت انسان‏ ساز سردار پرافتخار اسلام، و مجاهد بیدار و متعهد راه تعالی و پیوستن به «ملاء اعلی»، دکتر مصطفی چمران را به پیشگاه ولی‏عصر ارواحنا فداه تسلیت و تبریک عرض می‏کنم….ملت شهیدپرور ما سربازی را از دست داد، که در جبهه‏ های نبرد با باطل، چه در لبنان و چه در ایران، حماسه می‏ آفرید و سرلوحه مرام او اسلام عزیز و پبروزی حق بر باطل بود. او جنگجویی پرهیزگار و معلمی متعهد بود، که کشور اسلامی ما به او و امثال او احتیاج مبرم داشت.چمران عزیز با عقیده پاک خالص غیروابسته به دستجات و گروه‏های سیاسی، و عقیده به هدف بزرگ الهی، جهاد را در راه آن از آغاز زندگی شروع و به آن ختم کرد. او در حیات، با نور معرفت و پیوستگی به خدا قدم نهاد و در راه آن به جهاد برخاست و جان خود را نثار کرد. او با سرافرازی زیست، و با سرافرازی شهید شد و به حق رسید.

هنر آن است که بی‏ هیاهوهای سیاسی، و «خودنمایی»های شیطانی، برای خدا به جهاد برخیزد و خود را فدای هدف کند نه هوی، و این هنر مردان خداست. او در پیشگاه خدای بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و یادش بخیر…»

اما جان کلام این جا است که حضرت امام که در باره چمران با قطعیت و قاطعیت  سخن می راند، با نوعی آرزومندی برای خویش چنین عاقبتی را مطرح می سازد که:
«او در پیشگاه خداى بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و یادش بخیر. و اما، ما مى‏ توانیم چنین هنرى داشته باشیم؟ با خداست که دستمان را بگیرد و از ظلمات جهالت و نفسانیت برهاند.»‏
اما درس آموز تر از همه، انذار حضرت امام به تعدادی از مبارزین قدیمی است که بعضا هم در مقطعی با آن شهید بزرگوار همراه بوده اند و از اعتبار بالای چمران و موضوعات تاریخی چنین یادآوری می فرمایند که البته برای همه عبرت گیرندگان آموزنده و وسیله عبرت است:
«من در حالات همه ‏تان مطالعه کردم و مى‏ کنم و نمى‏ خواهم که منتهى بشود آن رأیى که من دارم به اینکه شما- خداى نخواسته- دیگر در فکر اسلام نیستید، و همه فکر خود هستید. مگر من و شما چند سال دیگر هستیم؟ مگر شماها چه قدر مى‏ خواهید عمر بکنید؟ مگر شما هر مقامى هم پیدا بکنید از مقام رضا خان و محمد رضا خان بیشتر مى‏ شود؟ عبرت بگیرید! عبرت بگیرید از این حوادث تاریخ. تاریخ معلم انسان است.
تعلیم بگیرید از این حوادثى که در دنیا واقع مى‏ شود. شماها چند سال دیگر نیستید در این عالم، چمران  هم نیست؛ چمران با عزت و عظمت و با تعهد به اسلام جان خودش را فدا کرد و در این دنیا شرف را بیمه کرد و در آن دنیا هم رحمت خدا را بیمه کرد؛ ما و شما هم خواهیم رفت. مثل چمران بمیرید.»

آیت الله خامنه ای که همزمان با شهادت شهید چمران، نمایندگی امام در شورای عالی دفاع را برعهده داشتند در جلسه علنی مجلس در اول تیر۱۳۶۰بیانات کوتاهی را در باره شهادت دکتر مصطفی چمران بیان کردند.

حضرت آیت الله خامنه ای بیان داشتند:

«درباره برادر شهید عزیزمان دکتر چمران هیچ زبان وبیانی من نمیتوانم ستایش خودم را نسبت به این برادر شهید و عزیز و تاسف خودم رااز فقدان او به عرض شما برسانم و نکته ای را که من در مورد ایشان لازم میدانم بگویم این است که ایشان در طول مدت این دو سال،‌ که ما با ایشان همکاری مستمری داشتیم یعنی از دوران دولت موقت، همکاریهای نزدیکی ما با مرحوم دکتر چمران داشتم، در زمینه های مختلف یک لحظه من دکتر چمران را متخطی از خط ولایت فقیه نیافتم. ایشان فرمان امام را، امر امام را، عشق به امام را از همه صبغه‌ها و رنگهایی که در عالم سیاست و خطوط سیاسی وجود دارد مرجح می دانست و این خصوصیت دکتر چمران بود».

و نیز فرمودند:“ما اگر از چمران تجلیل می کنیم در واقع از اسلام و شیوه های اسلامی تجلیل می کنیم” و “شهید چمران جزو عناصر بسیار برجسته‏ى ما بود که داراى ابعاد مختلف علمى، جهادى و عرفانى بود".

شهید چمران واقعا برای ما حکایت عشق و عرفان بود، کسی بود که امام و رهبری قبولش داشتند و براش ارزش زیاد قایل بودند، مرد آهنینی که با دست خالی جلوی عراق ایستاده بود و هیچ چیز جلودارش نبود.

روحش شاد و راهش پر رهرو باد

منبع:

بیانات امام راحل(رضوان الله تعالی علیه) درباره شهید چمران/سایت http://dana.ir/792013